Жоэкварское ущелье получило свое название от горной реки Жоэквара , причудливо извивающейся по его дну. В далеком прошлом Жоэквара часто посещалась непрошеными заморскими гостями - греками, римлянами, византийцами, генуэзцами и турками, которых манили сюда лесные богатства ущелья, в особенности драгоценный самшит.
С незапамятных времен ущелье служило также трассой, связывающей абхазские и черкесские племена. Об этом свидетельствуют сохранившиеся до наших дней так называемые "черкесские" и "абхазские" тропы. По данным первого абхазского этнографа, прославленного воина русской армии С. Т. Званба, еще в начале XIX века по этим тропам даже в суровых зимних условиях спускались по два человека в ряд отряды смелых кавказских спартанцев - убыхов.
В конце 30-х годов прошлого столетия, чтобы обезопасить гарнизон Гагрской крепости от бесконечных набегов горцев Северо-Западного Кавказа, по приказу генерала Муравьева-Амурского в ущелье Жоэквары , в радиусе около 2 км от крепости, был вырублен лес. В километре от крепости, в том месте, где, как указывает генерал Филиппсон, служивший на Кавказе, "была единственная возможность перебраться (горцам) с одного хребта на другой", была сооружена круглая сторожевая башня из валунов. В настоящее время сохранились ее развалины, и в краеведческой литературе эта башня получила название "Башни Марлинского".
В оголенной части ущелья была построена электростанция, а также несколько бараков из фанеры и досок, где жил обслуживающий персонал "великосветской климатической станции". После установления Советской власти в Абхазии все эти жалкие лачуги были убраны и на их месте воздвигнуты добротные дома для трудящихся.